Hola,
tomando tu pregunta, siento que el concepto de valor afecto es donde nosotros tomamos el valor para calcular el impuesto, como es afecto si o si llevara impuesto, en el caso de una factura se aplicaría el 19%.
por otro lado el valor neto a diferencia del valor afecto puede tener variados terminos, en el caso de facturación es el valor en donde calculamos el impuesto (si, al igual que valor afecto, normalmente se dicen valor neto+iva = valor bruto, pero este valor también se puede ocupar para factura de importación como valor FOB (ya que no tiene aranceles, ni iva) y en la contabilidad en caso de depredación es el valor, menos depresación o deducciones osea el valor neto de un inmueble o mueble.
en resumen, no es lo mismo, el valor neto depende de que estás viendo y el valor afecto siempre sera el monto donde se aplica un impuesto.
espero te sirva
