El límite de 20k es solo para lo que tengas de liquidez, lo que tengas invertido no computa. O sea, si DeGiro quiebra tus valores sigues siendo tuyos y los puedes traspasar a otra entidad.
Yo también me he fijado en esto; por lo menos en micaso, que sólo hago ETFs se debe a que muestra el último precio en el que efectivamente se cruzó una operación, en cambio en el periódico como tu dices te viene el precio de cierre, esto es, el precio a las 17:35 cuando cierra el mercado, que asigna el creador de mercado (en muchos ETFs no suele haber tanta liquidez). En mi opinión nesto no debería asustarte mucho!